بدأت جامعة دمنهور كمؤسسة علمية واقتصادية كفرع من جامعة الإسكندرية. في ذلك الوقت 4 مؤسسات علمية فقط هي: كلية التربية ، كلية الزراعة ، كلية الآداب ، وكلية التجارة التي شكلت الهوية المتميزة لجامعة دمنهور. وأضيفت ثلاث كليات: العلوم ، والتمريض ، والطب البيطري بموجب المراسيم الجمهورية. كما أضافت قرارات مجلس جامعة الإسكندرية فروعًا جديدة لكلية الصيدلة ورياض الأطفال والقانون اعتبارًا من العام الدراسي 2007/2008.
تأسس فرع جامعة الإسكندرية بدمنهور في العام الدراسي 1979/1980 مع كلية التربية بموجب المرسوم الجمهوري رقم. 507/1988.
ثم بعد ثلاث سنوات ، تم إنشاء كلية الزراعة في العام الجامعي 1983/1984 ، ثم أصبحت كلية مستقلة بموجب المرسوم الجمهوري رقم. 50/1988. بدأت كلية الآداب بدمنهور عام 1984 كامتداد لكلية الآداب جامعة الإسكندرية حتى أصبحت كلية مستقلة بموجب القرار الجمهوري 507/1988. تأسست كلية التجارة بدمنهور بموجب المرسوم الجمهوري رقم. 507/1988. تم إنشاء كليتي العلوم والطب البيطري بدمنهور بموجب القرار الجمهوري رقم 87/2007. بعد ذلك بدأت كلية رياض الأطفال وكلية الصيدلة في العام الدراسي 2008/2009.
وأخيراً أصدر الرئيس السابق محمد حسني مبارك قراراً جمهورياً بتاريخ 26/10/2010 ينص على إنشاء جامعة دمنهور كهوية علمية أكاديمية. شمل هذا المرسوم 12 كلية ؛ الفنون ، التجارة ، الزراعة ، التعليم ، التمريض ، العلوم ، الطب البيطري ، الصيدلة ، رياض الأطفال ، الطب ، والهندسة.