تعد كلية التربية أقدم مؤسسة تعليميةبفرع جامعة الإسكندرية بدمنهور حيث تم افتتاحها عام 1979 /1980لخدمة أبناء  محافظة البحيرة . ثم صدر القرا ر الجمهورى رقم 507 لسنة 1988 بإنشاء فرع جامعةالإسكندرية بدمنهور وكانت كلية التربية ضمن طليعة الكليات بالإضافة إلى كليات الآداب و الزراعة والتجارة. و تسعى كلية التربية بدمنهور إلى تحقيق الجودة والحصول علي الاعتماد الأكاديمي لتحتل مكانة متميزة بين كليات التربية على المستوى القومي والعالمي.  وتسعى أيضا كلية التربية جامعة دمنهور لإعداد المعلمين والكوادر المؤهلة القادرة على تطوير النظم التعليمية والإدارية بالتعليم العام والفني، والباحثين القادرين على تطوير المعرفة التربوية وتوظيفها في حل المشكلات التعليمية والتربــوية،  وتدريب كافة العاملين والقيادات التربوية،وتوفيرالخدمات والاستشارات التربوية المتخصصة لخدمة الجامعة والمجتمع من خلال الوحدات ذات الطابع الخاص بها

تأسست كلية الآداب جامعة دمنهور في البداية كفرع لجامعة الاسكندرية عام 1985 حتي استقلت جامعة دمنهور عام 2010. وتقدم الكلية خدمة تعليمية و بحثية متميزة ترقى إلى مستوى التميز و الإبداع فى مجال الآداب و العلوم الإنسانية فى سوق العمل محلياً و إقليميا استناداً إلى معايير الجودة التعليمية و البحثية ، و مواكبة التطورات العلمية و الفكرية و التكنولوجية.

تأسست كلية الزراعة جامعة دمنهور عام 1984 لتخدم محافظة البحيرة والمدن والقري المجاورة وكذلك لتقديم الخدمات والاستشارات الفنية في المجالات الزراعية المختلفة للشركات الزراعية والمزارعين وتخريج كوادر فنية من الحاصلين على الدرجات العلمية المختلفة في كافة المجالات الزراعية والمساهمة في خدمة المجتمع وتنمية البيئة للكلية ثلاث مقرات الأول بمبني الكلية بمجمع الأبعادية والثاني بمدرسة الزراعة والثالث مباني الكلية بمنطقة البستان بالدلنجات

أنشأت كلية التجارة بدمنهور كفرع من كلية التجارة جامعة الإسكندرية في العام الجامعي 1983/1984. وتسعى كلية التجارة بجامعة دمنهور أن تكون كلية التجارة بدمنهور من الكليات المتميزة فى مجال التعليم والتدريب والبحث العلمى وخدمة المجتمع فى المجال الاقتصادى والتجارى على المستويات المحلية والإقليمية والدولية بما يساهم فى تحقيق التنمية الشامل.

أنشئت كلية العلوم بدمنهور عام 2007 كواحدة من الكليات التابعة لفرع دمنهور التي تضمها جامعة الإسكندرية. ثم اصبحت من الكليات الرئيسية التى انشأت عليها جامعة دمنهور بالقرار الجمهوري رقم 303 لسنة 2010 م وهي تضم ستة اقسام رئيسية هي: الكيمياء - الفيزياء - النبات - علم الحيوان - الرياضيات – الجيولوجيا. وتسعى كلية العلوم بجامعة دمنهور أن تكون مؤسسة تعليمية وبحثية متميزة تتوافق مع متطلبات المعايير الأكاديمية. كما تسعى الكلية جاهدة لإعداد وتقديم برامج تعليمية وفق المعايير القياسية في مجال العلوم الأساسية وتطبيقاتها يمكن من خلالها إعداد كوادر علمية مدربة وقادرة على المنافسة في سوق العمل , بالإضافة إلى إجراء بحوث ودراسات علمية متجددة باستخدام التقنيات المتطورة والتواصل مع الهيئات البحثية المحلية والدولية لاستيفاء متطلبات النهوض بالمجتمع وخدمته

تأسست كلية الطب البيطري جامعة دمنهورعام 2007 وكانت تتبع جامعة الاسكندرية حينئذ. وتسعى الكلية أن تصبح مركزا إبداعيا متفردا في التعليم البيطري والتشخيص المعملي المرجعي والأنشطة البحثية. وبالكلية ثمانية أقسام هي ( رعاية الحيوان وتنمية الثروة الحيوانية – الكيمياء الحيوية – التشريح والأجنة – الفيسيولوجيا – الأنسجة والخلايا – التغذية والتغذية الإكلينيكية – الأدوية البيطرية – الباثولوجيا والطفيليات )

تم العمل بكلية رياض الاطفال بدمنهور كفرع لكلية رياض الاطفال جامعة الاسكندرية فى العام الجامعى 2008/2009. تعتبر كلية رياض الأطفال من الكليات العملية التابعة لقطاع الطفولة بالمجلس الأعلى للجامعات المصرية، والدراسة بها باللغة العربية أو اللغة الإنجليزية ،  و يشترط انتظام حضور الطالبة لنيل درجة البكالوريوس التى تؤهل الطالبات للعمل بالرياض و بدور الحضانة و بمؤسسات التربية الخاصة وكذلك في مجال رعاية الموهوبين. تم تغيير مسمى كلية رياض الأطفال إلى كلية التربية للطفولة المبكرة عام 2019 .   وتسعى كلية رياض الأطفال فى إطار توجه جامعة دمنهور الرامية للوصول إلى نموذج الجامعات العالمية من خلال تطوير وتحديث برامجها التعليمية سعياً إلى الوصول  لتطبيق معايير الجــــــودة و الاعتماد الأكاديمية الدولية ومواكبة التطور المعرفى فى مجال الطفولة المبكرة أسوة  بالجامعات العالمية المتميزة.

تم إنشاء كلية التمريض بفرع دمنهور عام 2007 لتكون صرحاً تعليمياً و تدريبياً و ليكتمل الشق التعليمي بالشق التدريبي تم توفير مبني مؤقت للكلية داخل " المعهد القومي بدمنهور" حتى يتسنى للطلاب بالتدريب داخل أقسام المعهد . وتسعى الكلية لتقديم سلسلة متصلة من البرامج التعليمية المميزة لإعداد كوادر تمريضية مؤهلة لمتطلبات سوق العمل وتسهم في تطوير البحث العلمي وتلبية إحتياجات المجتمع.

تم أفتتاح  كلية الصيدلة بدمنهوركفرع من كلية الصيدلة – جامعة الأسكندرية عام 2008 . تتطلع كلية الصيدلة - جامعة دمنهور الى التميز في مجالات التعليم الصيدلي والبحث العلمي وخدمة المجتمع وتنمية البيئة على المستوى المحلي والاقليمي والعالمى. و تسعي الكلية أن تكون واحدة من أفضل المؤسسات العلمية المتميزة في مجال التعليم الصيدلي محلياً وإقليميا. كما تسعى إلى تفعيل البحث العلمي و تنمية المشاركة الفعالة والتعاون مع المؤسسات البحثية في المجتمع المحلى والإقليمي والدولي.

أصدرت وزراة التعليم العالي قرارًا بفتح كلية جديدة لطب الأسنان بجامعة دمنهور عام 2013, ليتم إدراجها ضمن كليات طب الأسنان الحكومية الأخرى

أنشئت كلية التربية النوعية جامعة دمنهور ومقرها مدينة النوبارية بالقرار. الوزاري رقم.1679سنة2017. وتهدف الكلية لتخريج أجيال متميزة من المعلمين والفنيين والمبدعين النوعيين القادرين على المشاركة فى تنمية المجتمع والنهوض به بوصفها حاضنة علمية وبيتاً للخبرة لتعليم وتدريب واتقان الحرف اليدوية والنشاطات المهنية بالتعاون مع المراكز المهنية والورش الفنية والمصانع فى البيئة المحيطة، علاوة عن تقديم الخبرات اللازمة للنهوض بالمشروعات الصغيرة وتعميق الاستفادة منها،  بما يسهم فى تنمية المجتمع وتوفير فرص العمل لأبنائه،عبر إعداد خريج لدية القدرة  العلمية والفنية والتكنولوجية على  الانتاج التقنى والفنى وإجراء البحوث العلمية والميدانية فى المجالات والتخصصات النوعية بما يخدم سوق العمل ويحقق مردود تنموى واقتصادي.