يعود تاريخ تطوير جامعة النيل  إلى عام 1999 ، عندما توقعت مجموعة من قادة المجتمع الحاجة إلى إنشاء جامعة رائدة غير ربحية مكرسة للنهوض بالتعليم العالي والبحث التطبيقي في قطاعات مختارة ذات أهمية استراتيجية للاقتصاد . تعاني مصر من نقص متزايد في الموظفين المؤهلين تقنيًا والمؤهلين تأهيلاً جيدًا ، والذين تم تعليمهم وتدريبهم على فهم احتياجات الصناعة في سوق عالمي متغير ديناميكيًا. يعد تعزيز الموارد التكنولوجية للأمة ، لا سيما في المجالات ذات المهارات العالية ، أمرًا بالغ الأهمية لتحقيق هدف الدولة المتمثل في تحقيق النمو الاقتصادي المستدام.
بينما تتمتع مصر بقطاع أكاديمي قوي ، إلا أنها لا تمتلك حاليًا جامعة بحثية على مستوى عالمي قادرة على مواجهة تحديات الصناعة في قطاعات التكنولوجيا العالية. هذا هو الدور الذي تنوي جامعة النيل القيام به. علاوة على ذلك ، تدعو الخطة الإستراتيجية القومية للاتصالات وتكنولوجيا المعلومات إلى بناء مجتمع لتكنولوجيا المعلومات يتماشى مع التطورات والتقدم التكنولوجي في جميع أنحاء العالم من أجل تسريع التنمية الاقتصادية والاجتماعية في مصر. الهدف الرئيسي من هذه الخطة هو سد الفجوة الرقمية بين مصر والدول الصناعية المتقدمة.
تم إنشاء المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي  ، وهي منظمة غير حكومية ، بهدف أساسي هو إنشاء جامعة النيل. تخدم هذه الجامعة الغرض المزدوج المتمثل في بناء القدرات في القطاعات المستهدفة ، وقيادة البحوث التطبيقية بالتعاون مع مجتمع تكنولوجيا المعلومات والاتصالات والقطاعات الصناعية الهامة الأخرى في مصر. لهذا الغرض ، من المهم ربط الأوساط الأكاديمية والصناعة والحكومة ؛ وهكذا تم تصميم جامعة النيل مع وضع هذه الفلسفة في الاعتبار. حصلت الجامعة على موافقات للتشغيل من المجلس الأعلى للجامعات الخاصة بموجب القانون رقم 101 لسنة 1996. وصدر القرار الجمهوري بإنشاء الجامعة في يوليو 2006 ، تلاه حفل افتتاح رسمي في 11 يناير 2007.
تسعى جامعة النيل إلى أن تكون جامعة علمية وبحثية وريادة أعمال على مستوى عالمي ومعترف بها دوليًا.
كما تسعى إلى المساهمة في تنمية القيم الثقافية والاقتصاد القائم على التكنولوجيا في مصر والمنطقة من خلال السعي وراء التعليم والبحث والابتكار وريادة الأعمال على أعلى مستويات التميز من خلال:
تقديم برامج البكالوريوس والدراسات العليا الرائدة والتعليم التنفيذي.
إجراء بحث متعدد التخصصات.
التعاون مع الجامعات والمؤسسات البحثية العالمية المتميزة.
الالتزام بصلات قوية مع قطاع الأعمال والصناعة ، والتكريس لخدمة المجتمع.
قيمتها الأساسية هي التميز والنزاهة وخدمة المجتمع ، مع الالتزام بالتنوع واحترام الفرد ، وهي جزء لا يتجزأ من قيم جامعة النيل ويتبناها كل عضو في مجتمعنا.